Tháng 5 năm 1988, sau khi hoàn thành khóa sơ cấp công nghệ chè của Xí nghiệp chè Phú Thọ thì ông bắt đầu làm công nhân ở đây hơn 2 năm. Sau 4 năm 1991–95 theo học đại học ở Học viện Báo chí và Tuyên truyền, ông được nhận vào làm ở Tạp chí Kiểm tra của Cơ quan Ủy ban kiểm tra Trung ương, là Phóng viên, Biên tập viên liên tiếp hơn 10 năm 1995–2006. Vào tháng 11 năm 2006, ông được bổ nhiệm làm Phó Tổng biên tập Tạp chí Kiểm tra của Cơ quan Ủy ban Kiểm tra Trung ương.[1] Sang đầu năm 2009, ông được điều rời Tạp Chí Kiếm tra sau gần 15 năm công tác, giữ hàm Phó Vụ trưởng, phân công làm Thư ký Chủ nhiệm Ủy ban Kiểm tra Trung ương khóa X, Ủy viên Bộ Chính trị, Nguyễn Văn Chi. Sang năm 2011, khi chính trị gia Nguyễn Văn Chi nghỉ hưu, Hà Quốc Trị được phân công làm Thư ký Ủy viên Bộ Chính trị, Chủ nhiệm Ủy ban Kiểm tra Trung ương khóa XI Ngô Văn Dụ, đồng thời được nâng hàm Vụ trưởng trong giai đoạn này. Sang tháng 5 năm 2014, ông được bổ nhiệm làm Vụ trưởng Vụ Tổng hợp Cơ quan Ủy ban Kiểm tra Trung ương.[2]

Tháng 1 năm 2016, tại Đại hội Đảng Cộng sản Việt Nam lần thứ XI,[3] Hà Quốc Trị được bầu làm Ủy viên Ủy ban Kiểm tra Trung ương,[4][5] giữ vị trí này trong 4 năm cho đến tháng 5 năm 2020 thì được điều về tỉnh Khánh Hòa,[6] nhậm chức Phó Bí thư Tỉnh ủy Khánh Hòa.[7] Năm 2021, với sự giới thiệu của Tỉnh ủy, ông ứng cử đại biểu quốc hội từ Khánh Hòa,[8] tại đơn vị bầu cử số 2 ở thành phố Nha Trang,[9] rồi trúng cử Đại biểu Quốc hội khóa XV với tỷ lệ 59,25%.[10] Trong nhiệm kỳ này, ông được phân công làm Ủy viên Ủy ban Xã hội của Quốc hội và Trưởng Đoàn Đại biểu Quốc hội tỉnh Khánh Hòa.[1]